Храм дореволюционной постройки разрушен в 60-е годы ХХ в., сейчас на месте бывшего храма расположен мемориал воинам-жителям с. Натальевка, погибшим в годы Великой Отечественной войны. Богослужения совершаются в строении, оборудованном приходом под храм.
Приход создан в 1989 году на месте стоявшей ранее деревянной церкви. За эти годы храм был полностью построен, завершены внутренние работы, установлен иконостас. Сейчас возле старого здания храма на территории начато возведение нового, согласно утверждённого проекта. Храм строится по благословению главы Донской Митрополии Меркурия, митрополита Ростовского и Новочеркасского.